Tuy nhiên, trong đạo Phật thì khác. Người Phật tử hiểu rằng, không ai có thể ban cho mình toại nguyện những ước muốn, ngoại trừ những ước muốn đó là kết quả của những nhân duyên mà mình từng tạo ra trước đó. Người Phật tử tin luật nhân quả, tin rằng mình không thể trốn chạy nhân quả bằng cách cầu xin tránh khỏi tai họa, bệnh tật, những rủi ro bất trắc, và không thể cầu xin có được bình an, hạnh phúc khi mình chưa từng hoặc ít gieo nhân duyên lành.

Hoa trái hạnh phúc chỉ có được khi nhân thiện lành được gieo và chăm sóc chu đáo. Những hạt giống tốt đẹp (thiện nghiệp) được gieo trồng và chăm bón, đến khi hội đủ nhân duyên thời tiết thì tự động nó sinh hoa trái, không cầu cũng có. Những điều không hay, những rủi ro bất trắc trong cuộc đời là kết quả của những nghiệp bất thiện mà chúng ta đã tạo ra trong quá khứ đời này và những đời trước. Việc cầu xin quyền năng của Đức Phật hoặc thần linh che chở, cứu giúp cho mình thoát khỏi tai nạn hoạn họa cũng không có kết quả, bởi một khi nghiệp quả đã hình thành và chín muồi thì không cách gì trốn tránh được. 

Đức Phật dạy chúng ta có thể tránh được nghiệp quả xấu một khi nó chưa hình thành bằng cách thay đổi tâm ý và tạo nhiều nhân duyên lành có tác dụng ngược lại với những nhân duyên xấu ác đã tạo, gọi là chuyển nghiệp.

Nếu ai đó có thể thấy những điều sắp xảy đến cho chúng ta, là do những nhân duyên chúng ta đã tạo trong quá khứ sắp tựu thành kết quả, quả báo đang dần dần tượng hình,  người có thần thông có thể biết trước. Dù chúng ta có tìm cách chạy trốn bằng cách nào đi chăng nữa vẫn phải nhận lãnh quả báo (khổ hoặc vui) khi nhân duyên hội đủ. Nếu đã từng tạo nghiệp nhân thiện lành thì nhận lãnh quả báo tốt đẹp; nếu đã từng tạo nghiệp nhân bất thiện thì nhận lãnh quả báo xấu. Ví dụ như người tạo nghiệp nhân giết người thì sớm muộn gì cũng bị pháp luật xử tử hoặc bị người giết lại, quả báo này không xảy ra trong hiện tại thì cũng xảy ra trong tương lai, dù có mưu thần chước quỷ, giở thủ đoạn luồn lách, trốn chạy cũng không thoát khỏi.

Đức Phật, chư Bồ-tát và các bậc hiền thánh đều từ bi muốn cứu khổ chúng sinh, nhưng không ai có thể làm trái lại luật nhân quả. Chúng sinh cứ không ngừng tạo nghiệp, do đó không ngừng thọ lãnh quả báo. Cũng như người nghèo khổ khốn khó vì đam mê rượu chè cờ bạc, nếu không chừa bỏ nghiệp đỏ đen, say sưa, nghiện ngập thì không thể có cuộc sống an vui hạnh phúc dù có người giúp đỡ. Không chuyển những nghiệp xấu thì chắc chắn họ sẽ khổ, không khổ vì tù tội cũng khổ vì bệnh tật, khó nghèo v.v… và không có thần thánh, phép màu nào cứu được.

Vì thế mà người Phật tử không cầu xin quyền năng ban bố phước lành, che chở hoạn họa. Vậy người Phật tử cầu nguyện điều gì? Việc cầu nguyện của người Phật tử mang một ý nghĩa khác. Chữ “cầu” trong đạo Phật không có nghĩa là “cầu xin” mà là mong ước, phát nguyện. Cũng như nói “Trên cầu Phật đạo, dưới hóa độ chúng sinh”, không có nghĩa là trên “cầu xin” Phật đạo. Phật đạo đâu ai cho mà cầu xin! Do đó “cầu” ở đây có nghĩa là “mong muốn đạt thành”. “Cầu” chính là ý chí, là tâm hành (nghiệp).

Cầu nguyện trong đạo Phật không phải là xin Đức Phật ban cho mình điều gì, mà là thể hiện mong ước rồi nỗ lực, phấn đấu để thực hiện ước nguyện đó. Để tránh hiểu lầm, kinh sách Phật giáo thường không dùng từ “cầu nguyện” mà chỉ dùng từ “nguyện” tức phát nguyện, ý nguyện. Ví dụ như: “Nguyện dứt trừ tất cả điều ác, nguyện tu tất cả điều lành, nguyện độ tất cả chúng sinh” v.v…

Cầu nguyện trong đạo Phật là phát nguyện. Vì thế, người Phật tử cần hành trì giáo pháp để đạt được mong muốn, ước nguyện của mình. Cầu nguyện và hành trì phải gắn kết với nhau. Cầu nguyện giúp hành trì thêm tinh tấn, dũng mãnh và ngược lại, hành trì mới giúp việc cầu nguyện có ý nghĩa thiết thực.

Cầu nguyện thể hiện chí hướng. Ví dụ như người tu Tịnh độ phát nguyện vãng sinh, lập chí hướng sinh về Cực lạc, nhưng phải hành trì niệm Phật hoặc quán tưởng, đồng thời phải giữ giới, hành thiện, phát tâm Bồ-đề và tu tạo các công đức phước lành.

Có tâm nguyện, chí hướng mà không có hành động thiết thực để thực hiện tâm nguyện, chí hướng thì chẳng có ích gì. Cũng như người muốn trở thành bác sĩ, kỹ sư mà không chịu học hành, cứ ngồi đó mà mơ tưởng hoặc cầu khẩn thần linh thì không thể thành tựu.

Chúng ta thường đến chùa cầu nguyện sự bình an, hạnh phúc cho mình và người thân, thì chúng ta phải hành trì lời Phật dạy, phải sống như thế nào để có được sự bình an. Không thể cầu nguyện rồi cứ thản nhiên tạo các nghiệp ác, tạo các nhân duyên xấu; giao phó cho Đức Phật và các vị Bồ-tát bảo hộ cho mình.

Nhiều người đến chùa vào các ngày lễ lớn, đốt cả bó hương to và cắm bừa tứ tung mặc dù lư hương không còn chỗ cắm; lấy bánh trái trên bàn thờ, hái hoa bẻ cành cây kiểng nhà chùa để xin lộc; rải tiền lẻ đầy trên bàn thờ Phật, Bồ-tát để cầu nguyện, những việc làm này chẳng những không có ích mà còn tổn phước bởi vì làm tổn hại và mất trang nghiêm nơi cửa chùa thanh tịnh.

Người có niềm tin, tín ngưỡng, dù là Phật tử hay không phải là Phật tử đều cần phải có chánh tín, tránh những hành động tiêu cực, tà kiến, bất cứ việc làm nào cũng phải có ý nghĩa và giá trị lợi ích thiết thực. Trong đạo Phật, việc cầu nguyện của người Phật tử phải khác với thế thường, không phải vì mục đích van xin, cầu cạnh. Nếu mê tín, cầu cạnh, van xin sự bình an và lợi lộc thì đã tạo nghiệp tham, si. Đồng thời là hình thức chắp tay khấn nguyện nhưng tâm niệm khác thì ý nghĩa và giá trị của hành động cũng khác.

Đạo Phật khuyến khích cầu nguyện không chỉ cho bản thân mà còn cho người khác. Việc cầu nguyện điều gì đó cho người khác mang ý nghĩa cao đẹp thể hiện tấm lòng của mình đối với người đó, thể hiện tình thân thương, thể hiện tinh thần từ bi, vô ngã, vị tha. Chẳng hạn như cầu nguyện cho ông bà cha mẹ mạnh khỏe, sống lâu, cầu nguyện cho gia đình bình an hạnh phúc, cầu nguyện cho quê hương, đất nước, cho thế giới, cho nhân loại, chúng sinh được thái bình, an lạc v.v…

Sau mỗi thời kinh, người Phật tử luôn phục nguyện hồi hướng công đức phước báo của sự hành trì tu tập cho bản thân, gia đình và pháp giới chúng sinh, cầu tất cả chúng sinh được an vui, giác ngộ, giải thoát; nguyện được chân trí huệ sáng suốt, tiêu trừ tất cả phiền não, tội chướng… Nội dung cầu nguyện vừa cho mình, vừa cho tất cả chúng sinh, không cá nhân vị kỷ, bình đẳng không phân biệt.

Tóm lại, việc phát nguyện thể hiện ý nguyện, chí hướng và quyết tâm của chúng ta. Phát nguyện cũng là một pháp tu trưởng dưỡng đạo tâm, phát triển đạo hạnh và làm tăng trưởng công đức, phước báo cho người hành trì, tu tập Chánh pháp. Một người Phật tử sơ cơ khi phát nguyện tu tập các pháp lành, thọ trì giới pháp, bỏ ác hành thiện chính là đang “hồi đầu” (quay đầu - chỉ mới quay đầu lại thôi chứ chưa bước đi, hành trì mới là giai đoạn bước đi đến đích), còn “khoảng cách đến bờ giác ngộ, giải thoát, an vui” (giác ngạn, bỉ ngạn) bao xa là tùy thuộc vào mức độ tinh tấn hành trì, tu tập, sự thực hiện lời nguyện của chính mình.