Trong quá trình khai quật đã phát hiện nhiều di tích có giá trị văn hóa nằm sâu, trải dài dưới lòng đất, cấu thành nên bản sắc văn hóa trên vùng cực Bắc biên cương của Tổ quốc.  

Lá đề lợp ở mái hiên của chùa

Có thể nói lần đầu tiên trong lịch sử khai quật chùa cổ Việt nam, tại di tích chùa Nậm Dầu đã tìm được rất nhiều di vật tiêu biểu, đặc sắc mang nét riêng của kiến trúc chùa cổ có, đủ cả 4 đầu đao lợp ở 4 góc mái chùa (chùa có 4 mái) lợp bằng ngói sen. Trên bờ nóc của mái chính giữa là một lá đề cân, kích thước lớn, dày, nặng, tạo nổi hình hóa lá đối xứng nhau. Hai bên là hai con rồng, đầu và thân rồng làm rời, gắn trên gói úp nóc. Ngoài ra các lá đề lệch in nổi rồng cũng được gắn trên ngói nóc với nhiều bộ phận tinh vi và phức tạp. Trên các bờ dải ngói lợp có gắn tượng chim uyên ương, rìa mái được lợp ngói gắn lá đề cân in nổi hình tháp 5 tầng. Đặc biệt là tại khu vực của kiến trúc chùa đã phát hiện ra tượng cá chép đầu rồng bằng gốm, có thể gắn lên đầu bờ nóc của mái.

Các nhà khoa học đã tìm ra các trang trí kiến trúc như: tượng rồng gắn trên ngói úp nóc, tượng uyên ương, đầu sư tử, tượng chim ( phượng hoặc hạc), tất cả bằng đất nung. Điều đặc biệt hơn cả là trong số những di vật tìm thấy tại kiến trúc chùa Nậm Dầu thì có những di vật chỉ thấy có mặt tại Hoàng thành Thăng Long, hoặc ở các công trình lớn và quan trọng của triều đình, và có những di vật lần đầu tiên phát hiện được ở Việt Nam và ở miền Biên cương vùng núi phía bắc của tổ quốc: Đầu đao hai mặt tạo nổi hình rồng với kích thước khá lớn, tượng rồng, cá chép, uyên ương,…được trang trí đẹp mắt.

Từ những di vật tìm được, một lần nữa có thể khẳng định di tích quốc gia chùa Nậm Dầu được khởi dựng từ thời Trần, khoảng giữa thế kỷ XIII-VIV, với những kiến trúc đẹp, lộng lẫy, cầu kỳ vừa độc đáo với nét riêng có của vùng cao núi đá Hà Giang, nhưng vẫn mang tính phổ biến thống nhất trong nền văn hóa, văn minh Đại Việt thời Trần.

Những di vật tìm thấy qua hai lần khai quật tại chùa Nậm Dầu thêm một lần nữa khẳng định những ý nghĩa và tầm quan trọng có ảnh hưởng rất lớn đối với sự phát triển nền phật giáo nước nhà. Đặc biệt là kiến trúc phật giáo tại vùng núi biên cương Hà Giang.