Tuy nhiên đến cuối đời Trần, tình hình xã hội rối ren, triều đại phong kiến nhà Trần bắt đầu suy thoái, Phật giáo cũng không còn thể hiện được vai trò “dẫn đường chỉ lối” ở triều đình nữa. Mặc dù vậy, Phật giáo vẫn đóng một vai trò hết sức quan trọng trong đời sống tinh thần của người dân Đại Việt. 

Khi Hồ Quý Ly lên ngôi, ông đã đưa ra những chính sách nhằm thay đổi đạo Phật. Đại Việt sử ký toàn thư ghi rõ như sau: “Bính Tý, năm thứ 9 (1396), mùa xuân, tháng Giêng, xuống chiếu sa thải các Tăng đạo, chưa đến 50 tuổi trở xuống, bắt phải hoàn tục. Lại thi những người thông hiểu kinh giáo, ai đỗ cho làm Đường đầu thủ , tri cung, tri quán, tri tự, còn thì cho làm kẻ hầu cho người tu hành” . 

Như chúng ta đã biết, Phật giáo có ảnh hưởng rất lớn đối với đời sống văn hoá tinh thần của người dân nước ta cả hàng ngàn năm trước đó. Tư tưởng của Phật giáo đã len lỏi vào từng ngõ ngách thôn xóm, vào tiềm thức của người Việt. Các tăng lữ rất được người dân coi trọng. Do đó, việc Hồ Quý Ly xuống chiếu sa thải tăng đạo và bắt họ hoàn tục thì quả là một việc làm ảnh hưởng rất lớn đến đời sống không chỉ riêng giới tu hành mà còn ảnh hưởng đến đời sống tâm linh của những người theo đạo Phật. 

Chân dung Hồ Quý Ly - Sơn dầu 

Tuy nhiên, khách quan mà nói, việc làm của Hồ Quý Ly không phải không có những điểm sáng tích cực. Bởi vì, vào cuối đời Trần, tình hình xã hội rối ren, nhiều người dân bình thường muốn trốn tránh kiếp nạn nên đã trốn vào chùa để nương nhờ cửa Phật, trốn đi lính, trốn thuế; còn một bộ phận tăng lữ muốn lợi dụng Phật giáo để an nhàn hưởng thụ. Sinh hoạt chùa chiền trở nên phức tạp, khó kiểm soát. Vì thế, việc xuống chiếu sa thải bộ phận tăng lữ thiếu tiêu chuẩn tu đạo nhằm mục đích sàng lọc thành phần tăng lữ, tăng cường xây dựng lực lượng quân sự và phát triển kinh tế cho nhà nước là điều cần thiết. 

Hơn nữa, cũng không ngoài khả năng, Hồ Quý Ly lo e sợ chùa chiền nhiều, tăng lữ quá đông, nếu không quản lý chặt chẽ sẽ trở thành mầm mống hiểm hoạ của một triều đại mới. Nhiều cuộc khởi nghĩa, bạo loạn đã diễn ra, điển hình như Phạm Sư Ôn (năm 1389). Mặt khác, việc làm này cũng có thể là cái cớ để chối bỏ cống nạp cho nhà Minh vì thời gian này, nhà Minh thường sai sứ sang bắt cống phẩm là người bị thiến, tú nữ và tăng nhân rồi sau đó lại thả tú nữ và tăng nhân về với ý đồ làm nội gián. 

Nội dung chiếu sa thải các tăng lữ còn một điều rất đáng chú ý nữa đó là việc quy định thi cử khi muốn làm nhà sư. Ai muốn làm nhà sư thì phải thông hiểu kinh giáo, thi đỗ thì mới được làm, hơn nữa còn đưa ra những chức vụ khác nhau như Đường đầu thủ, tri cung, tri quán, tri tự… Việc làm này cho thấy Hồ Quý Ly đã có sự quản lý chặt chẽ hơn đối với tầng lớp tăng lữ. Chùa chiền vốn là nơi để con người nương nhờ cửa Phật, để con người tìm thấy sự thanh thản bình yên trong cuộc sống. Nhưng đối với Hồ Quý Ly, ông muốn thay đổi chùa chiền cũng phải giống như một tổ chức cần có sự quản lý của nhà nước, những người muốn sống trong chùa phải có đủ trí huệ và tài năng nhất định. So sánh việc làm này của Hồ Quý Ly chúng ta có thể dễ dàng nhận thấy, ngay sau ông, vị vua đầu tiên nhà Lê cũng đã làm theo tinh thần như vậy. Lê Thái Tổ sau khi lên ngôi, vào tháng 10 năm Kỷ Dậu (1429), đã ra lệnh cho tất cả các tăng sĩ Phật giáo và đạo sĩ Lão giáo phải trình diện để khảo thí. Ai không thi đậu thì bắt buộc phải hoàn tục. Rõ ràng, việc thi cử của các tăng sĩ phải đến cuối nhà Trần với những ý tưởng của Hồ Quý Ly mới có. Xét như ngày nay, các tăng nhân cũng luôn luôn không ngừng nâng cao trí huệ để thực hiện phật sự của mình. Một tăng nhân, ni sư muốn đạt đến những địa vị nhất định ngoài việc tu tập đạo đức, còn phải nâng cao trí huệ và đặc biệt cũng phải qua những đợt khảo thí. Ngày nay, Phật giáo cũng có các trường học với đủ cấp độ giống như một hệ thống giáo dục vậy.

Cải cách Phật giáo của Hồ Quý Ly không hẳn là bài Phật mà là việc làm cần thiết phù hợp với điều kiện lịch sử nhất định. Trước tình hình kinh tế xã hội lúc bấy giờ, cải cách Phật giáo của Hồ Quý Ly đã đạt được mục đích để tăng cường nguồn lực quân đội, quản lý chặt chẽ các tổ chức Phật giáo và có cớ để đối phó với giặc phương Bắc trong việc cống nạp nhà sư. Tuy nhiên, chúng ta vẫn còn thấy ảnh hưởng của Phật giáo trong tâm tưởng của Hồ Quý Ly như việc: “tháng 6 năm Bính Tuất (1406) đỉnh tháp Báo Thiên bị đổ, An phủ sứ Đông Đô Lê Khải không báo tin nên bị biếm tước 1 tư” . Tháp Báo Thiên vốn là một công trình biểu tượng cho Phật giáo từ đời Lý Thánh Tông (1057). Việc Hồ Quý Ly quan tâm đến sự kiện tháp Báo Thiên bị đổ và còn giáng tội thuộc cấp, chứng tỏ ngoài việc thể hiện trách nhiệm của người đứng đầu nhà nước thì việc làm này cũng ít nhiều cho thấy Hồ Quý Ly vẫn còn coi trọng những công trình Phật giáo. Hay như việc Hồ Quý Ly cho xây dựng chùa Phong Công tại Kim Âu, Thanh Hoá sau khi làm thành nhà Hồ là một việc làm thiên về Phật giáo, nếu như trong thâm tâm ông không có Phật thì ắt đã không cho xây chùa.

Bên cạnh đó, “Phật giáo Việt Nam căn bản không phải là tôn giáo tiêu cực yếm thế, mà là nhập thế để chuyển thế”. Tinh thần nhập thế của Phật giáo Việt Nam được thể hiện rõ từ khi được truyền vào nước ta. Việc làm của Hồ Quý Ly cũng phù hợp với tính chất đó. Đưa đội ngũ tăng lữ thành một tổ chức xã hội để quản lý vừa giải quyết được những vấn đề trước mắt vừa đảm bảo được tính ổn định lâu dài. 

Tóm lại, việc đưa ra tư tưởng cải cách Phật giáo của Hồ Quý Ly là một việc làm dựa trên mục đích chính trị của cá nhân nhưng cũng phù hợp với điều kiện hoàn cảnh lịch sử lúc bấy giờ, phù hợp với tiến trình phát triển dân tộc nói chung và với lịch sử Phật giáo Việt Nam nói riêng. Việc biến chuyển trong thời kỳ này, đặc biệt là những thay đổi trong tư tưởng của Hồ Quý Ly đã trở thành một bước ngoặt lớn trong lịch sử tôn giáo Việt Nam. Riêng với Phật giáo, những cải cách của Hồ Quý Ly cũng đã có những ảnh hưởng nhất định đến quá trình phát triển Phật giáo Việt Nam trong thời kỳ văn hoá Đại Việt.