Theo đó, toàn bộ diện tích được nghiên cứu lập quy hoạch là 2 ha, trong đó khu vực bảo vệ 1 là 0,9 ha, khu vực bảo vệ 2 là 1,1 ha.

Quy hoạch nhằm xác định giá trị lịch sử, kiến trúc nghệ thuật của chùa Vĩnh Nghiêm, góp phần làm sáng tỏ giá trị lịch sử, văn hóa của di sản văn hóa Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử và xác định phương hướng bảo tồn, nhằm đưa chùa Vĩnh Nghiêm thành trung tâm văn hóa, tín ngưỡng gắn với Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử; kết nối chùa Vĩnh Nghiêm với các di tích, danh lam của tỉnh Bắc Giang và quần thể di tích vùng Yên Tử tạo thành một sản phẩm du lịch văn hóa phong phú.