Biết trước giờ băng hà
Mùa hạ năm 1308, Phật hoàng Trần Nhân Tông (lúc này đã xuất gia từ lâu) vào núi Yên Tử bảo hết những người cư sĩ theo hầu xuống núi, chỉ để lại 10 thị giả thường theo. Ngài lên ở am Tử Tiêu trên núi Yên Tử để giảng Truyền Đăng Lục cho thị giả Pháp Loa.
Theo sách "91 thiền sư Việt Nam" của Hòa thượng Thích Thanh Từ, từ đây Trần Nhân Tông leo khắp các núi, tìm kiếm các hang động và ở trong thạch động. Thị giả Pháp Loa thấy thế bèn thưa: “Tôn đức tuổi đã già yếu mà xông pha trong sương tuyết, lỡ có bề gì thì mạng mạch Phật pháp trông cậy vào ai?”. Ngài bảo: “Ta thời tiết đã đến, muốn tạo cái kế lâu dài vậy”.
Vẫn theo tài liệu nói trên, ngày mùng 5 tháng 10 năm ấy, người nhà Công chúa Thiên Thụy lên núi bạch ngài rằng: “Công chúa Thiên Thụy bệnh nặng mong được thấy Tôn đức rồi chết”. Ngài bùi ngùi bảo: “Thời tiết đã đến vậy”. Ngày mùng mười ngài về đến kinh, dặn dò xong, ngày Rằm ngài trở về núi.
Phần về câu chuyện Trần Nhân Tông nói với công chúa Thiên Thụy thì sách "Đại Việt sử ký toàn thư" chép như sau: Năm 1308, niên hiệu Hưng Long thứ 16, ngày mồng 3 tháng 11, thượng hoàng băng ở am Ngọa Vân núi Yên Tử. Bấy giờ Thượng hoàng xuất gia, tu ở ngọn Tử Tiêu núi Yên Tử, tự hiệu là Trúc Lâm đại sĩ. Bà chị là Thiên Thụy ốm nặng, Thượng hoàng xuống núi, tới thăm và bảo: “Nếu chị đã đến ngày đến giờ thì cứ đi, thấy âm phủ có hỏi thì trả lời rằng: Xin đợi một chút, em tôi là Trúc Lâm đại sĩ sẽ tới ngay”.
Nói xong, Thượng hoàng trở về núi, dặn dò người hầu là Pháp Loa các việc về sau, rồi bỗng nhiên ngồi mà hóa. Thiên Thụy cũng mất vào hôm đó”.
Những sự kiện linh ứng
Theo sách của Hòa thượng Thích Thanh Từ, ngày 19 Phật hoàng Trần Nhân Tông về tới núi Yên Tử. Ngài bèn sai thị giả Pháp Không lên am Tử Tiêu gọi đệ tử Bảo Sát đến gấp.
Hôm sau Bảo Sát quảy gói sang. Đi đến Doanh Tuyền thì thấy một vầng mây đen từ ngọn Ngọa Vân bay qua Lỗi sơn và hạ xuống Doanh Tuyền, nước đầy tràn lên cao mấy trượng, giây lát lại bình xuống. Lại thấy hai con rồng đầu bằng đầu ngựa, ngóc cao hơn trượng, hai con mắt như sao, chốc lát lại lặn xuống. Đêm ấy Bảo Sát nghỉ trong quán trọ dưới núi, mộng thấy điềm chẳng lành.
Ngày 21 Bảo Sát đến được am Ngọa Vân. Trông thấy Bảo Sát, Phật hoàng mỉm cười bảo: “Ta sắp đi đây, nhà ngươi sao đến trễ vậy? Đối với Phật pháp, ngươi có chỗ nào chưa rõ hãy hỏi mau”. Kế đó ngài vì Bảo Sát mà trả lời những điểm còn hoài nghi chưa rõ. Đến đêm ngày 1 tháng 11, ngài hỏi Bảo Sát: “Hiện giờ là giờ gì?”. Bảo Sát bạch: “Giờ Tí”. Ngài nói: “Đến giờ ta đi” rồi sau đó nằm như sư tử lặng lẽ mà tịch.
Sau khi Phật hoàng diệt độ, theo lời di chúc, đệ tử Pháp Loa làm lễ hỏa táng, lượm ngọc cốt có năm màu để vào bình đem về kinh sư. Lại nói chuyện đưa xá lị của Phật hoàng về kinh.
Sách "Đại Việt sử ký toàn thư" chép: “Pháp Loa thiêu xác Thượng hoàng được hơn 3.000 hạt xá lỵ mang về chùa Tư Phúc ở kinh sư. Vua có ý ngờ. Các quan nhiều người xin bắt tội Pháp Loa. Hoàng thái tử Mạnh mới 9 tuổi, đứng hầu bên cạnh, chợt thấy có mấy hạt xá lỵ ở trước ngự, đưa ra cho mọi người xem, kiểm lại trong hộp, thì đã mất một số ít hạt. Vua xúc động đến phát khóc, trong lòng mới khỏi nghi ngờ".
Vua Trần Nhân Tông là một vị vua sáng trong lịch sử nước ta. Khi còn tại vị ngài đã góp công sức vào hai cuộc kháng chiến chống Nguyên lần 2 và lần 3. Đến khi nhường ngôi và xuất gia, ngài quyết chi vào núi tu tập và đã lập ra phái thiền Yên Tử quảng dương Phật pháp và làm sáng danh Phật giáo Việt Nam.
