Tương truyền trước đây những người thi đỗ đạt thường đến đây trồng một cây Hòe để làm kỷ niệm bởi một đời cây dài bằng một đời người. Cũng có thuyết giải thích rằng theo điển cố quy hoạch kinh đô cổ thì “đông Hòe, tây Liễu”, đường phố (phía đông) kinh thành trồng cây Hòe, đường phố phía tây trồng cây Liễu. Nay gần chùa Hòe Nhai nay còn một đường phố cắt ngang phố Hàng Than mang tên phố Hòe Nhai. Chùa Hòe Nhai được tạo dựng vào thời hậu Lý, khuôn viên của chùa trước kia rất rộng, sang thời Pháp thuộc mới bị thu hẹp lại. Chùa Hòe Nhai là một trong những ngôi chùa lớn cổ xưa ở Thủ đô mà mỗi bước thăng trầm của chùa đều gắn liền với những sự kiện lịch sử của dân tộc. 

Đến cuối thế kỷ 17, có lần bảo mẫu của vua Lê Hy Tông quê ở chính phường Hòe Nhai đã đứng ra xây dựng lại chùa rồi thỉnh Hòa thượng Thủy Nguyệt đến trụ trì, Hòa thượng Thủy Nguyệt là tổ thứ nhất của dòng Tào Động, một trong 5 phái của Phật giáo Việt Nam.

Tương truyền rằng, lúc bấy giờ vua Lê Hy Tông thi hành chính sách chống Phật giáo rất hà khắc. Vì vậy, Hòa thượng Tông Diễn Chân Dung (gọi tắt là Tông Diễn hay Chân Dung), vị sư tổ thứ hai của chùa Hòe Nhai và cũng là vị tổ thứ hai của dòng Tào Động Việt Nam đã viết một bài biểu bỏ vào một cái tráp đem đến dâng vua và nói rằng: “Trong hộp có ngọc minh châu”. Nhà vua mở tráp ra xem không thấy ngọc mà chỉ thấy một bài biểu đại ý nói nhà Lê được lâu bền chính là nhờ sự độ trì của đức Phật. Sau đó vua Lê Hy Tông hạ chiếu sám hối, thay đổi thái độ với Phật giáo. Có lẽ xuất phát từ câu chuyện trên mà đời sau, người đời tạc nên một bức tượng quốc vương trong tư thế cúi phủ phục để Phật ngồi trên lưng đặt ở chùa.

Kể từ đời Hòa thượng Thủy Nguyệt đến nay, ở chùa Hòe Nhai đã có 48 vị tổ sư, trong đó có nhiều vị được triều đình phong sắc. Hiện nay, ở nhà tổ của chùa còn trưng bày một đạo sắc niên hiệu Cảnh Hưng thứ 11 (1750) do vua Lê Hiển Tông phong cho vị sư Trần Văn Chức. Hòa thượng Thích Đức Nhuận, nguyên Pháp chủ Hội Phật giáo Việt Nam cũng trụ trì ở chùa này, ngài đã viên tịch tháng 12 năm 1993. Sau Cách mạng tháng 8 năm 1945 tại chùa đã diễn ra cuộc họp các vị tăng, ni, phật tử Thủ đô để cử một đoàn đại biểu đến yết kiến chính phủ cách mạng; tiếp đó cũng tại đây đã diễn ra sự kiện thành lập Hội Phật giáo cứu quốc.

Tọa lạc trên một khu đất vuông vắn, mỗi chiều khoảng hơn 50m, cửa chùa nhìn ra hướng Tây, tức phố Hàng Than. Ngoài cùng là tam quan dựng kiểu trụ biểu, điển hình của kiến trúc thời Nguyễn. Tiếp đến sân chùa bài trí hai ngọn tháp cao 3 tầng, bên cạnh dựng hai nhà bia lớn. Bố cục khu thờ chính của chùa gồm bốn tòa nhà xếp thành hình chữ công. Phía trước là hai bía đường liền mái chạy song song, mỗi tòa nhà năm gian, Chính điện gồm ba gian nằm dọc, phía sau là nhà tổ bảy gian, sát bên phải nhà thờ tổ đối xứng với thượng điện là tòa “Kinh viện” (nhà để kinh) 13 gian. Phía bên trái gồm các công trình nhà khách, nhà kho, nhà bếp. Kiến trúc của chùa trải qua nhiều lần trùng tu sửa chữa, nhưng các nếp kiến trúc chính như: tòa tiền đường, thượng điện vẫn giữ được lối kết cấu cũ hình chữ công, nghĩa là theo nguyên tắc chung của các ngôi chùa thờ Phật của Việt Nam. Tòa tiền đường bên ngoài mới làm thêm vào thế kỷ 19, theo kiểu 8 mái chồng diêm chịu ảnh hưởng của kiến trúc cung đình. Tòa thượng điện còn bảo lưu được nhiều bức cốn chạm lộng, chạm nổi hình tứ linh (long, ly, quy, phượng) và hệ thống cửa võng sơn son thiếp vàng lộng lẫy thể hiện các đề tài “Cúc, trúc, thọ, mai hóa điểu”…

Tấm bia hiện còn lưu tại chùa dựng trước sân bên phải tiền đường do Tiến sĩ Hà Tông Mục soạn có ghi: chùa xây dựng lại năm Chính Hòa 24 (1703), nhưng trên xà nhà cổ lại ghi năm Chính Hòa 19 (1698), phía ngoài bên trái chùa chính có một tấm bia ghi niên hiệu Chính Hòa 20 (1699). Như vậy, chùa Hòe Nhai được xây dựng trước năm 1699 và trải qua nhiều lần trùng tu tôn tạo. Trên thượng lương nhà Tổ còn ghi: trùng tu năm Gia Long 11 (1812). Theo tấm bia dựng năm Thành Thái 11 (1899) thì các năm Giáp Ngọ (1894) và Kỷ Hợi (1899) các tòa nhà của chùa đều được tu bổ.

Bài trí tượng Phật trong nội thất có 6 lớp:

Tại nhà tiền đường bên phải là ban thờ Đức Ông và Hộ Pháp, bên trái là tượng Thánh Hiền, hai bên là tượng Diện Nhiên và Đại Sĩ.

Tại nhà thượng điện bày trí năm lớp tượng: Lớp thứ nhất là tòa Cửu long và Phật Thích Ca sơ sinh đứng trên tòa sen sơn son thiếp vàng, hai bên là tượng Đế Thiên và Đế Thích, phía ngoài là tượng Bồ Tát Phổ Hiền cưỡi bạch tượng, bên trái là tượng Văn Thù Bồ Tát cưỡi Thanh sư. Lớp hai: là Tam Thánh tượng, giữa là Phật Dược Sư, hai bên là Nhật Quang và Nguyệt Quang Bồ Tát.

Lớp ba: giữa là tượng Thích Ca giáo chủ, hai bên là tượng Bồ Tát Đại Ca Diếp và Át Nan Tôn giả.

Lớp thứ tư: chính giữa là tượng A Di Đà ngồi thiền trên tòa sen, chân xếp vòng tròn, hai tay đặt lên đùi, ngực có chữ Vạn, hai bên là tượng Quan Thế Âm và Đại Thế Chí Bồ Tát. 

Lớp thứ năm: nơi cao nhất của tòa Phật điện bài trí ba pho tượng Tam Thế Phật, ngồi thiền định trên tòa sen, tóc xoắn ốc, tượng trưng chư Phật thuộc ba thì quá khứ, hiện tại và vị lai. 

Đặc biệt ở bên trái thượng điện bài trí pho tượng tạc ở tư thế ngồi trên lưng ông vua đang phủ phục thể hiện hình tượng sám hối, bên phải có tượng Hộ Pháp, bên trái là Quan Âm tọa sơn và hai hàng thập điện Diêm Vương mỗi bên năm vị.

Tại nhà Tổ, nhà Mẫu có nhóm tượng Mẫu đặt trong khám thờ, tượng sư Tổ, với tổng số 68 pho tượng tròn được phủ sơn son thiếp vàng lộng lẫy, các pho tượng mang phong cách nghệ thuật thế kỷ 18, 19, trong đó có tòa Cửu long là cổ hơn cả, có thể mang niên đại sớm hơn tấm bia dựng năm Chính Hòa 24 (1703). Chùa hiện còn lưu giữ 28 tấm bia đá, trong đó bia có niên đại sớm nhất là niên hiệu Chính Hòa 24 (1703) do Tiến sĩ Hà Tông Mục soạn, bài văn bia ghi rõ chùa được xây dựng tại phường Hòe Nhai ở Đông Bộ Đầu. Như vây, chính nhờ có nội dung này được ghi trên bia mà giới sử học ngày nay đã xác định được vị trí Đông Bộ Đầu (Bến Đông), địa danh đã diễn ra trận đánh đuổi quân Nguyên Mông xâm lược ra khỏi kinh thành Thăng Long ngày 29 tháng 01 năm 1258.

Bộ sưu tập di vật của chùa khá phong phú đa dạng về chủng loại và chất liệu như: Khánh đồng cao 1m, rộng 1,5m đúc năm Giáp Dần niên hiệu Đức Long thứ 3 (1734), đời vua Lê Thần Tông, chuông đồng niên hiệu Tự Đức thứ 17 (1864). Hệ thống tượng Phật phong phú làm bằng nhiều chất liệu khác nhau như: đồng hun, gỗ quý, đất nện, các pho tượng được tạo tác công phu tinh xảo, bố cục cân đối, mỗi pho tượng biểu lộ một vẻ riêng và mang những giá trị nghệ thuật cao, thể hiện nét chân dung như thực.

Chùa Hòe Nhai được Bộ Văn hóa Thông tin xếp hạng di tích cấp quốc gia năm 1989. Chùa Hòe Nhai hiện nay được tu bổ khang trang sạch đẹp và là điểm đến hấp dẫn của du khách thập phương cũng như khách du lịch trong và ngoài nước. Đặc biệt là vào các dịp đầu xuân năm mới, ngày lễ Phật Đản, ngày Rằm tháng 7 xá tội vong nhân, tại chùa có tổ chức nhiều nghi lễ Phật giáo trang trọng linh thiêng thu hút hàng nghìn lượt khách đến lễ Phật,
thăm quan chiêm ngưỡng.

Nguyễn Thị Thủy - nguyên Phó Ban quản lý di tích danh thắng Hà Nội