Dưới thời các chúa Nguyễn, Phật giáo ở Đàng Trong nói chung và ở Quảng Nam nói riêng rất phát triển. Hầu hết các chúa đều sùng kính đạo Phật, xem đó là chỗ dựa tinh thần trong sự nghiệp Nam tiến và lập quốc nên các chúa rất chăm lo phát triển Phật giáo, xây dựng nhiều chùa chiền, trọng đãi sư tăng, mở trai đàn, hội chùa, đồng thời tạo nhiều điều kiện thuận lợi cho các sinh hoạt Phật giáo.

Quảng Nam vốn là đất của Chiêm Thành được sáp nhập vào lãnh thổ Đại Việt, cho đến khi Nguyễn Hoàng vào trấn thủ Thuận Hóa, Quảng Nam vẫn là vùng Ô châu ác địa, cư dân phức tạp gồm nhiều thành phần ô hợp. Những di dân người Việt phải xa rời nơi chôn nhau cắt rốn của mình đến đây lập nghiệp thường sống thành từng nhóm nhỏ trên vùng đất còn mang đậm dấu ấn của văn hóa Chăm. Từ âm nhạc, y phục cho đến những ngôi tháp với cách kiến trúc độc đáo khiến họ không khỏi cảm thấy văn hóa Chăm vừa có những nét đẹp riêng đầy quyến rũ nhưng lại vừa xa lạ, huyền bí khiến họ phải e dè, bất ổn. Để những di dân yên tâm sinh sống nơi xứ lạ quê người, chúa Nguyễn cần phải có một giải pháp để củng cố tinh thần và tâm lý của họ. Giải pháp đó chỉ có thể tìm thấy ở Phật giáo. Nho giáo không thích hợp trong lúc này vì nó vừa xa lạ với tín ngưỡng của người Chăm, vừa không đủ sức để lay động và thu phục nhân tâm ở vùng đất mới đầy khó khăn, bất trắc. Những nguyên tắc tam cương, ngũ thường cùng những đạo lý của Nho giáo có thể khiến người ta tuân thủ nhưng không tâm phục, vì thế để cố kết lòng người không thể dùng Nho giáo. Nho giáo chỉ dùng để ổn định xã hội, cai trị dân chúng, còn Phật giáo với tinh thần từ bi giải thoát rất cần thiết cho những người phải thường xuyên đối diện với khó khăn nguy hiểm nơi xứ lạ quê người. Các nhà sư với sự nhập thế tích cực đã đem lại niềm an lạc cho đời sống tinh thần của những lưu dân Việt.  Đối với cư dân bản địa, Phật giáo Đại thừa thờ nhiều vị thần, có sự gần gũi với tín ngưỡng của họ nên dễ dàng liên kết lòng người.

Nguyên nhân sâu xa hơn là khi vào trấn thủ Thuận Hóa, Nguyễn Hoàng không chỉ có mục đích đơn thuần là tìm một chỗ dung thân tránh sự hãm hại của người anh rể Trịnh Kiểm “ Hoành sơn nhất đái, Vạn đại dung thân” như lời Nguyễn Bỉnh Khiêm, mà còn có ý đồ về lâu dài xây dựng cho mình một giang sơn riêng. Vì thế phải tìm một hệ tư tưởng khác với Nho giáo, hiện đang thống trị ở phía Bắc, để xây dựng một đời sống văn hóa riêng ở Đàng Trong. Tuy nhiên ý thức hệ đó một mặt phải “đẩy mạnh được bản sắc dân tộc của người Việt, mặt khác làm lắng đọng các mối lo âu của người di dân mà không đặt lại vấn đề về tính hợp pháp của những người cai trị” (Xứ Đàng Trong, Lịch sử Kinh tế- Xã hội Việt Nam thế kỷ 17 và 18, Li TaNa, Bản dịch của Nguyễn Nghị, nxb Trẻ 1999, tr 194, 195), và không xa lạ với tín ngưỡng của người Chăm thì mới thu phục được lòng người ở vùng đất mới. Phật giáo đại thừa đáp ứng được những yêu cầu đó của chúa Nguyễn. Vì thế mà Nguyễn Hoàng, vốn xuất thân là một vị quan của nhà Lê được đào tạo trong cửa Khổng sân Trình lại dùng Phật giáo để hưng khởi đại nghiệp.

Các chúa Nguyễn từ Nguyễn Hoàng cho đến vị chúa cuối cùng là Nguyễn Phúc Thuần đều mộ Phật và có nhiều đóng góp cho đạo Phật. Trong suốt thời gian trị vì của mình, các chúa  đã cho xây dựng nhiều chùa chiền, cấp đất cho các thiền sư dựng chùa, thỉnh mời các vị cao tăng đến hoằng hóa, mở trai đàn truyền giới, độ tăng. Có vị còn đến học đạo và thỉnh ý các thiền sư về việc trị nước.

Năm Nhâm Dần (1602), ngay từ khi lập Dinh trấn ở xã Cần Húc, huyện Diên Phước, Nguyễn Hoàng đã cho dựng chùa Long Hưng ở phía Đông Dinh trấn, năm Đinh Mùi (1607) dựng chùa Bảo Châu ở Trà kiệu. (Đại Nam thực lục tiền biên, Quốc sử quán triều Nguyễn, T1,NXB Giáo Dục 2002, tr 36)

Năm Giáp Tuất (1653), thời chúa Nguyễn Phúc Tần,  dân xã Nại Hiên, huyện Hòa Vang (nay là phường Bình Hiên, thành phố Đà Nẵng) góp tiền của xây chùa Long Thủ (nay có tên là chùa An Long). Chùa tọa lạc trên một khu đất nằm phía sau lưng Bảo tàng Điêu khắc Chăm, thuộc phường Bình Hiên, quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng. Bia chùa Long Thủ được dựng vào năm Thịnh Đức thứ 5, triều vua Lê Thần Tông (1657). Bia được làm bằng đá sa thạch màu xám kích thước 1,25m x 1,20m x 0,21m hình thang cân đỉnh tròn, do ông Lê Gia Phước, pháp danh Bảo Giám, người làng Hải Châu, Đà Nẵng viết. Nội dung bia nói về việc xây dựng và tên gọi của chùa Long Thủ, họ tên của những người đã đóng góp tiền của, đất đai để xây dựng chùa cùng danh sách những mảnh đất đã cúng dường. Hiện nay tấm bia vẫn còn ở cạnh cổng chùa.                          .

Chùa Long Thủ

Chùa An Sơn ở xã Hòa Phát, huyện Hòa Vang cũng được xây vào khoản thời gian này.

Năm 1670, một thương nhân người Nhật tên là Kadoya đã xây chùa Tùng Bổn tại Hội An, phỏng theo kiểu dáng ngôi chùa cùng tên ở quê hương ông, đến nay chùa này không còn dấu tích.

Chùa Hải Tạng nằm ở xóm Cốm của Bãi Lạng trên Cù lao Chàm, được xây dựng vào khoảng 1678, có tường thành bằng đá bao bọc xung quanh. Cũng trong năm này, chùa Phổ Khánh được dựng lên ở Ái Nghĩa huyện Đại Lộc.

Chùa Tam Thai nằm trên đỉnh Hòn Thủy của Ngũ Hành Sơn, huyện Diên Phước (nay là quận Ngũ Hành sơn, thành phố Đà Nẵng), có ba ngọn nằm ở ba tầng giống như sao Tam Thai nên chùa có tên chùa Tam Thai. Theo tấm bia lưu tại chùa cho biết, chùa Tam Thai được khởi dựng năm 1630 . Vào cuối thế kỷ 17, thiền sư Hưng Liên, từ Trung Quốc sang Đại Việt, đã trú trì tại đây. Ông là người đầu tiên đưa phái Thiền Tào Động vào Đàng Trong và đã lập đạo tràng tại chùa này.  Tại núi Tam Thai có tháp Phổ Đồng, Hoa Nghiêm Thạch Động và Hoa Nghiêm Vân Động, có chạm chữ trên vách đá. Những tên động này do Thiền sư Thạch Liêm Thích Đại Sán đặt trong lúc viếng chùa năm 1695. Trong Hải Ngoại ký sự có viết:

“Đây là núi Tam Thai, ngôi chùa ấy tức là đạo tràng của ngài Quả Hoằng (Hưng Liên) Quốc sư ngày mai chắc sẽ qua đó chơi... đi quanh mé núi có viên mọc đứng thẳng lên, có viên chúc ngược xuống, nhưng chẳng thấy chùa ở đâu mới trông qua thấy thô lỗ tưởng chẳng có gì kì thú vậy. Chúng tôi đi cách núi chừng nửa dặm thấy một thầy sãi đứng nhìn chăm chú, rồi chạy chui vào kẽ đá sau núi đi mất. Trước núi có một cái gò, trước gò trèo lên chừng năm bước có một ngôi chùa cổ; sãi trong chùa đánh chuông trống, mặc áo tràng ra rước vào lễ Phật”. (Hải ngoại kỷ sự, Thích Đại Sán, Nguyễn Duy Bột dịch, nxb Viện Đại học Huế, tr 147, 148). .

Năm 1825,  vua Minh Mạng đã cho xây dựng lại chùa Tam Thai: “ Tháng 6 sửa hành cung và chùa miếu ở núi Tam Thai Dinh Quảng Nam……Núi Tam Thai có nhiều cổ tích danh thắng, từ sau binh lửa đổ nát cả. Vua thấy thiên hạ thanh bình nên sửa sang lại” ( Đại Nam thực lục tiền biên, Quốc sử quán triều Nguyễn, T2, NXB Giáo Dục 2007, tr 431)

 Dưới triều Nguyễn, chùa Tam Thai được sắc chỉ là Quốc Tự.

Chùa Tam Thai có 3 tầng: Tầng thứ nhất ở về phía Bắc gọi là Thượng Thai. Tầng thứ hai ở về phía Nam gọi là Trung Thai. Tầng thứ ba ở về phía Đông gọi là Hạ Thai. Tổng thể chùa được xây dựng theo hình chữ “Vương”  王 với nhiều đường nét mang tính thẩm mỹ cao đặc trưng cho kiến trúc đình chùa thời nhà Nguyễn.

Chùa Phước Hải ở xã Hải Châu, huyện Hòa Vang (nay là phường Hải Châu, thành phố Đà Nẵng) có bia của Hiển Tông Hiếu Minh Hoàng Đế (Nguyễn Phúc Chu), chùa này được trùng tu vào năm 1824, năm Ất Dậu, niên hiệu Minh Mạng thứ 6 (1825), vua ban tấm biển đề “ Phước Hải Tự” : Ngày Nhâm Dần…. qua xã Hải Châu Chính cho chùa mới làm của dân ấy đổi tên làm chùa Phúc Hải, sắc cho dinh thần làm biển ngạch cấp cho ( Đại Nam thực lục tiền biên, Quốc sử quán triều Nguyễn, T2, NXB Giáo Dục 2007, tr 428)

Chùa Hang Đá ở xã Ngô Cương Tây, phía Tây huyện Quế Sơn, bốn mặt đều là rừng rậm

Vào năm 1695, chúa Nguyễn Phúc Chu đã cho xây dựng chùa Phước Lộc (ở làng Phú Lộc nay là làng Hòa Phú). Hai năm sau (1697), ở xã Phước Hòa, phủ Tam Kỳ, nhân dân trong xã đã xây dựng chùa Phước Hòa để làm nơi thờ Phật.

Sự phát triển của Phật giáo tại Quảng Nam, cũng như Đàng Trong đã có phần đóng góp không nhỏ của các nhà sư Trung Quốc. Khi nhà Thanh lật đổ nhà Minh, những thiền sư không chịu thần phục di cư sang Đàng Trong, chúa Nguyễn đã nhân cơ hội này thu phục họ. Hầu hết các ngôi chùa danh tiếng ở Quảng Nam được xây dựng thời bấy giờ đều có công của các nhà sư Trung Quốc. Đồng thời, họ cũng đã truyền bá vào Quảng Nam một số dòng thiền mới góp phần làm đa dạng và phát triển Phật giáo ở nơi đây.

Quốc sư Hưng Liên

Pháp danh Quả Hoằng, trú trì chùa Tam Thai ở Ngũ Hành Sơn, Quảng Nam. Ông là đệ tử của thiền sư Thạch Liêm, sang Đại Việt vào thời chúa Nguyễn Phúc Trăn (1687-1691) và là người đầu tiên đem tông phái Tào Động vào Quảng Nam. Ông được chúa Nguyễn Phúc Chu tôn làm Quốc sư, trước khi Thiền sư Thạch Liêm qua Đại Việt.

Trong suốt 2 thế kỷ XVII, XVIII phái thiền Tào Động đã hoạt động rất mạnh ở Quảng Nam, có ảnh hưởng lớn đến đời sống tâm linh của nhân dân khắp vùng..

Thiền sư Thạch Liêm (Thích Đại Sán)

Hiệu Đại Sán Hán Ông, người Giang Tây, sinh năm 1633. Thời thiếu niên,  xuất gia ở chùa Thượng Lâm, theo hầu thiền sư Giác Lãng. Sau vào làm giảng sư chùa Trường Thọ ở Quảng Đông, do Hòa thượng Thực Hành trú trì. Sau khi Hòa thượng Thực Hành tịch, Thạch Liêm kế vị trú trì. Nhờ tài hội họa và kiến trúc, ông đã biến chùa Trường Thọ thành nơi danh thắng ở Quảng Đông. Ông có biệt tài về nhiều lãnh vực.

Thời chúa Nguyễn Phúc Trăn, Hoán Bích Thiền Sư Tạ Nguyên Thiều ở chùa Hà Trung (Thừa Thiên) vâng lệnh chúa sang Quảng Đông mời Đại Sán Hòa thượng nhưng ông chưa đi. Mãi đến 1694, khi chúa Nguyễn Phúc Chu cho người qua rước ông mới nhận lời.

Phái đoàn xuống thuyền tại bến Hoàng Phố và cập bến Hội An vào ngày 28 tháng giêng năm Ất Hợi (1695). Sau đó, đoàn ra Thuận Hóa, được chúa Nguyễn Phúc Chu đón tiếp trọng thể và thỉnh về ngụ tại chùa Thiền Lâm. Đến ngày mồng 1 tháng tư cùng năm, bắt đầu khai mạc giới đàn dưới sự bảo hộ của chúa Nguyễn Phúc Chu, Hòa thượng Thạch Liêm làm Đàn đầu và các ngài Minh Hoằng, Minh Hải ... ..ở trong Hội đồng thập sư. Giới đàn truyền các giới Sa di, Tỳ kheo và Bồ Tát giới. Có khoảng 1.400 người thọ giới, trong đó có các công hầu khanh tướng và hoàng tộc. Chúa Nguyễn Phúc Chu được truyền riêng một giới đàn và ngài Thạch Liêm đặt pháp danh cho chúa là Hưng Long, biệt hiệu Thiên Túng Đạo Nhân.

Ngoài các hoạt động Phật pháp, chúa Nguyễn Phúc Chu còn học đạo lý và thỉnh ý Hòa thượng về việc trị nước. Có thể do đó mà tư tưởng “Nho Phật nhất trí” của Thạch Liêm đã có ảnh hưởng nhiều đến chủ trương “Cư Nho mộ Thích” của Nguyễn Phúc Chu.

Tại Hội An, Quảng Nam Thiền sư Thạch Liêm đã tổ chức giới đàn tại chùa Di Đà, trên 300 người đã xin thọ giới. Giới đàn ở đây được tổ chức rất đơn giản, nhưng giới điệp được đóng kèm ấn chúa.

Thiền sư Thạch Liêm cũng đã để lại nhiều đệ tử mà sau này đã có vai trò rất lớn đối với sự phát triển của Phật giáo Quảng Nam. Trong chuyến vân du Đàng Trong, Thiền sư còn lưu lại tập “Hải ngoại kỷ sự” rất có giá trị về nhiều mặt  chính trị, văn hóa, xã hội.

Thiền sư Minh Hải- Pháp Bảo (1670-1746), Sơ Tổ thiền phái Lâm Tế Chúc Thánh, là một trong những vị thiền sư Trung Quốc đầu tiên mang thiền phái Lâm Tế truyền vào đất Quảng Nam. Nơi đây ông đã biệt xuất dòng kệ tiếp nối dòng Lâm Tế đời thứ 34, sau này trở thành một chi phái riêng được mệnh danh là " Dòng môn phái Lâm Tế Minh Hải" hay " Dòng môn phái Lâm Tế Chúc Thánh".

Thiền sư tên là Lương Thế Ân, sinh vào giờ Tuất, ngày 28 tháng 6 năm Canh Tuất (1670) tại làng Thiệu An, huyện Đồng An, phủ Tuyền Châu, tỉnh Phúc Kiến, Trung Quốc. Thân phụ là Lương Đôn Hậu, thân mẫu là Trần Thục Thận. Sư là con thứ hai trong gia đình. Năm Mậu Ngọ (1678), khi vừa lên 9 tuổi, xuất gia tại chùa Báo Tư tỉnh Phúc Kiến (Trung quốc), năm 20 tuổi, được đăng đàn thọ giới với pháp danh Minh Hải, tự Đắc Trí, hiệu Pháp Bảo. Sư nối pháp đời 34 dòng Lâm Tế truyền theo bài kệ của ngài Vạn Phong - Thời Ủy.

Năm Ất Hợi (1695), sư cùng với các sư Minh Vật - Nhất Tri, Minh Hoằng - Tử Dung, Minh Lượng - Thành Đẳng, v.v... trong hội đồng thập sư cùng Hòa thượng Thạch Liêm Thích Đại Sán theo lời thỉnh cầu của chúa Nguyễn Phúc Chu sang Đàng Trong truyền giới.

Sau khi Thiền sư Thạch Liêm về nước, một số vị trong phái đoàn ở lại Hội An khai sơn hoằng hóa như sư Minh Hải - Pháp Bảo và sư Minh Lượng - Thành Đẳng

Thiền sư Minh Hải - Pháp Bảo khai sơn Tổ đình Chúc Thánh tại xã Cẩm Phô (nay là thị xã Hội An) vào năm 1697. Ban đầu sư Minh Hải chỉ lập một thảo am để tu hành, vài năm sau, ông mở trường dạy đạo, đào tạo Tăng chúng. Đức độ của ông ảnh hưởng đến đông đảo dân phố Hội, số người đến quy y rất đông. Sau đó, ông muốn sự truyền thừa có quy cũ lâu dài nên xuất kệ lập nên môn phái Lâm Tế Chúc Thánh. Tương truyền, vào thời sư Minh Hải, chùa Chúc Thánh chỉ là một ngôi chùa nhỏ đơn sơ, sau này các thế hệ truyền thừa của ông đã không ngừng phát huy đạo pháp và phát triển kiến trúc ngôi Tổ Đình thật qui mô và bề thế như ngày hôm nay.

 Tổ Đình Chúc Thánh- Hội An

Đến cuối thế kỷ XVIII, dòng Chúc Thánh đã hình thành 3 trung tâm Hoằng pháp: trung tâm Hội An nằm ở phía Đông với các Tổ đình Chúc Thánh, Vạn Đức, Phước Lâm, trung tâm Ngũ Hành Sơn nằm ở phía Bắc với 2 ngôi quốc tự Tam Thai và Linh Ứng; trung tâm Đại Lộc nằm ở phía Tây với Tổ đình Cổ Lâm. Cả 3 trung tâm Hoằng pháp của dòng Chúc Thánh tại Quảng Nam có sự liên hệ mật thiết và hỗ tương cho nhau. Trong đó, các chùa Chúc Thánh, Phước Lâm giữ vai trò trung tâm đào tạo tăng tài, phân bổ đến các chùa trong tỉnh. Không chỉ phát triển mạnh mẽ ở Quảng Nam mà ảnh hưởng của dòng Chúc Thánh còn lan rộng vào các tỉnh phía Nam như Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Gia Định.

Thiền sư Minh Lượng – Thành Đẳng

 Thiền sư Minh Lượng tự Nguyệt Ân, hiệu Thành Đẳng, tục danh Lý Nhuận, người phủ Triều Châu, tỉnh Quảng Đông, Trung Quốc. Năm Ất Hợi (1695) ngài với các sư trong hội đồng thập sư cùng Thiền sư Thích Đại Sán sang Việt Nam. Sau khi tham dự đại giới đàn tại Thuận Hóa, ngài vào Hội An ở lại, khai sơn chùa Vạn Đức ở xã Thanh Hà, huyện Diên Phước, phủ Điện Bàn ( nay là xã Cẩm Hà- Hội An). Chùa này còn có tên là chùa Lang Thọ, người dân quen gọi là chùa Cây Cau.

Cũng như chùa Chúc Thánh, ban đầu chùa Vạn Đức chỉ là một thảo am tu hành, đến cuối thế kỷ XVII Thiền sư Minh Lượng mới chính thức lập chùa. Chùa nằm bên bờ sông Cổ Cò, con sông nối Cửa Hàn – Đà Nẵng với Cửa Đại – Hội An ngày trước, rất tiện lợi cho thương khách ghé chùa lễ Phật. Thiền sư  Phổ Triêm, một vị cao tăng đắc đạo, đã có công rất lớn trong việc đại trùng tu chùa.

Chùa Vạn Đức là một công trình kiến trúc độc đáo, nghệ thuật được sách Đại Nam nhất thống chí ghì là “một danh lam thời xưa vậy ” (ĐNNTC, Tu Trai Nguyễn Tạo dịch, quyển thứ 5 tỉnh Quảng Nam, tr 59)

Hiện nay chùa còn lưu giữ nhiều hiện vật quý giá liên quan đến lịch sử Hội An, đến quá trình du nhập và phát triển của Phật giáo ở Hội An và xứ Đàng Trong.                  

  Chùa Vạn Đức –Hội An

Sang thế kỷ XVIII, Phật giáo Quảng Nam tiếp tục phát triển, nhiều ngôi chùa mới được xây dựng, tiêu biểu nhất là chùa Tân Thái và chùa Long Sơn.  (xã Tân Thái được thành lập năm 1740 nay là phường Mân Thái, quận Sơn Trà, TP Đà Nẵng). Năm 1755, các tín đồ Phật tử đã đúc đại hồng chung nặng 450 kg cho đến nay vẫn còn lưu giữ tại chùa.

Chùa ở Quảng Nam dưới thời các chúa Nguyễn là những ngôi chùa đầu tiên được người Việt xây dựng và chịu ảnh hưởng của văn hóa Việt trên đất Quảng Nam. Sự hiện diện của các ngôi chùa đã phần nào đáp ứng được đời sống tâm linh của đông đảo lưu dân Việt, mang lại cho họ sự an lạc đồng thời  cũng cho thấy ảnh hưởng mạnh mẽ của Phật giáo tại vùng đất mới này.

Với chủ trương dùng Phật giáo để cố kết nhân tâm, dưới thời chúa Nguyễn, Phật giáo Quảng Nam có điều kiện thuận lợi để phát triển. Nhiều chùa chiền được xây dựng, nhiều thiền sư danh tiếng đã đến đây hoằng pháp. Phật giáo đã gắn bó cùng những người di dân từ buổi đầu đặt chân lên đất Quảng, trở thành chỗ dựa tinh thần của họ trong việc khai hoang lập ấp, tạo dựng cuộc sống nơi xứ lạ quê người.