Phật giáo được công nhận là một trong năm tôn giáo chính thức ở Indonesia, hòa mình cùng Hồi giáo, Thiên Chúa giáo (và Tin Lành giáo), Ấn Độ giáo và Nho giáo. 

Theo cuộc điều tra dân số thực hiện vào năm 1990, đại đa số dân Indonesia theo Hồi giáo (chiếm khoảng 87%). Khoảng 1,8 triệu (ít hơn 1% dân số) theo đạo Phật. Thống kê dân số Indonesia theo các tôn giáo khác nhau như sau: 

Hồi giáo: 87%
Thiên Chúa giáo: 10%
Ấn giáo: 2%
Phật giáo: 1%

Tỷ lệ dân số Indonesia theo các tôn giáo

Các tỉnh có tỷ lệ phật tử tương đối cao là Jakarta, Riau, bắc Sumatra và tây Borneo. Đại đa số phật tử theo truyền thống Phật giáo Nguyên Thủy. Hai Tu viện Phật giáo lớn nhất tọa lạc tại bắc Jakarta (Sunter) và tây Java (Pacet). Chẳng may, vì những người theo đạo Khổng và đạo Lão chưa được hiến pháp thừa nhận, những người theo hai tôn giáo này thường tự nhận họ là “phật tử”, vì vậy người ta tin rằng số phật tử tại Indonesia còn ít hơn con số thống kê chính thức.

Khởi nguyên Phật giáo lan tỏa từ miền Bắc Ấn Độ đến châu Á, Srivijaya còn là một trung tâm Phật giáo quan trọng của thế giới. Srivijaya là một liên minh kiểu Mandala gồm nhiều nhà nước cổ từng tồn tại ở miền Đông Sumatra, bán đảo Malay và một phần đảo Borneo và Java, hình thành từ thế kỷ 7 hoặc thế kỷ 8 và kết thúc vào khoảng cuối thế kỷ 13. 

Phật giáo là tôn giáo cổ nhất thứ hai tại Indonesia, sau Ấn giáo. Trước khi hai tôn giáo này được truyền vào Indonesia, người ta tin rằng thiên nhiên có một sức mạnh phi thường. Người dân thờ cây và đá như những vật thiêng do tin rằng đây là nơi mà những đấng quyền năng trú ngụ.

Ấn giáo được truyền vào Indonesia vào khoảng thế kỷ thứ hai. Phật giáo Indonesia có mối tương quan chặt chẽ với lịch sử Ấn Độ giáo, như một số đế quốc chịu ảnh hưởng nền văn hóa Ấn Độ, đã được thành lập cùng một khoảng thời gian. Sự xuất hiện của Phật giáo trên quần đảo Indonesia thông qua các hoạt động giao thương hàng hải giữa Indonesia và Ấn Độ. 

Sự thịnh vượng của liên minh này nằm ở lợi thế của nó về mặt thương mại trên biển, đóng vai trò là trung chuyển trong buôn bán giữa Ấn Độ và thế giới Ả Rập với Trung Quốc.

Các địa chỉ khảo cổ Phật giáo lâu đời nhất ở Indonesia là các Bảo tháp Batujaya kiến trúc tinh xảo ở Karawang, Tây Java. Các Thánh tích Phật giáo Batujaya cổ xưa nhất có nguồn gốc được ước tính từ thế kỷ thứ 2 sau công nguyên. Sau đó, các địa chỉ khảo cổ Phật giáo đã được tìm thấy ở Jambi, Palembang, tỉnh Sumatra, Riau, và Trung Đông Java. Quần đảo Indonessia đã chứng kiến những biến cố thăng trầm của các đế quốc hùng mạnh như các triều đại Phật giáo Sailendra, các đế quốc Mataram và Srivijaya. 

Ngài Pháp Hiền, vị cao tăng Trung Quốc (320? - 420?), nhà chiêm bái học giả trên lộ trình từ Ấn Độ trở về quê nhà Trung Quốc, Ngài đã từng quá cảnh Indonessia. Ngài đi đường bộ từ Trường An vòng sang vùng cận Đông để đến Ấn Độ tu học trong nhiều năm, lúc ấy tuổi Ngài đã lục tuần.

Năm 410, Ngài dùng đường biển để đi Tích Lan, Sumatra và Java, nơi nào Ngài cũng lưu lại ít lâu trước khi trờ về Trung Quốc vào năm 412.

Tam Tạng Pháp sư Nghĩa Tịnh (635-713), vị cao tăng Phật giáo Trung Quốc dùng đường biển đi Ấn Độ để tham cứu Phật pháp, Ngài ghé vào đảo Sumatra vào năm 673 và hết sức ngạc nhiên khi gặp trên đảo hàng nghìn vị tăng sĩ đồng hương với Ngài đang học tiếng Phạn, tu tập và nghiên cứu kinh điển Phật giáo ở đây. Riêng Ngài thì rời Sumatra để đến Đại học Nalanda ở Ấn Độ và tu học trong 20 năm liền. Khi trở về Trung Quốc Ngài trở thành một trong những nhà dịch thuật nổi tiếng Phật giáo Trung Quốc.

Đại sư A Ti-sa (Nhiên Đăng Cát Tường Trí) (980-1054) vị cao tăng Ấn Độ, Ngài đã từng đến Sumatra cùng với hơn 100 đệ tử, riêng Ngài đã tu học trong suốt 12 với một vị tăng sĩ tên là Dharmarakshita (Tôn giả Pháp Xứng), tên tiếng Tây Tạng là Serlingpa Tchokyi Drakpa. 

Năm 1025, Ngài quay trở về Ấn Độ, nhưng vào lúc đó Phật giáo ở Ấn đã suy vi, vị Minh quân phật tử Tây Tạng, Gougué Tchangchoup Ö và một trong các đại dịch giả của thời đại Tân Dịch Thuật nổi danh của Tây Tạng thời bấy giờ là Đại sư Rhinchen Zangpo (958–1055), cùng tỏ ý mới Ngài lên Tây Tạng để tuyên thuyết Diệu pháp Như Lai. Ngài nhận lời và đến Tây Tạng vào năm 1042 cùng với hai mươi bốn đệ tử. Ông là người đã giữ vai trò chính trong việc du nhập và phát triển Phật giáo lần thứ hai trên đất nước Tây tạng.

Phật giáo đạt tới đỉnh cao của nó khi đất nước này nằm dưới sự cai trị của triều đại Sriwijaya. Triều đại này đã từng biến Idonesia thành một vương quốc Phật giáo lớn nhất Đông Nam Á vào khoảng từ thế kỷ thứ 7 đến thế kỷ thứ 14. Trong thời gian này, nhiều trường Đại học và Tu viện Phật giáo được xây dựng và các học giả nổi tiếng của Phật giáo như Dharmapala và Sakyakirti đã hoằng dương chính pháp, giáo thụ sư giảng dạy tại đây. 

Vương quốc lớn thứ hai theo Phật giáo là Mataram do bộ tộc Sailendra cai trị từ thế kỷ thứ 8 và 9 tại miền trung Java. Nhiều ngôi Tự viện Phật giáo được xây và kinh điển được khắc trên các phiến đá trong thời kỳ này.

Một trong những ngôi Tự viện Phật giáo xây dựng vào thời kỳ được nhiều người biết đến đó là Đại bảo Tháp Borobudur, còn gọi là Bà La Phù Đồ, Đàn tràng Mạn Đà la cổ nhất và lớn nhất thế giới, với 10 tầng tháp hùng vĩ được xem là một trong 70 kỳ quan của thế giới được Tổ chức Unesco ghi nhận là một Thánh tích Phật giáo quan trọng.

Borobudur thể hiện ba quan điểm về vũ trụ theo truyền thống Kim Cương thừa của Ấn Độ. Đỉnh của kiến trúc là một cái tháp, thể hiện tánh khái niệm về tính Không hay Sunnata. Hàng năm vào ngày Đại lễ Vesak (gọi là Tri Suci Waisak trong tiếng Indo) được tổ chức tại Borobudur để tưởng niệm ngày Đản sinh, Thành đạo và nhập Niết Bàn của đức Phật.

Bảo tháp cổ Mendut, tương truyền trước khi vào Borobudur, mọi người phải làm lễ tại Mendut, thanh tẩy thân tâm ở Pawon rồi mới vào ngôi Đại Già lam Phật địa Borobudur.

Ngôi Đại Già lam Phật địa Borobudur tổng cộng có 1460 tấm tranh điêu khắc và tạc nổi trên mặt đá, trình bày các cảnh tượng của Tam giới, kể lại các gương sáng của những vị Bồ tát, cuộc đời và những tiền thân của đức Phật và sau hết là các câu chuyện về Đạo Pháp mô tả trong kinh sách. Ngoài những cảnh tượng điểu khắc, còn có 1212 trang trí khác tạc trên đá. Nếu xếp các cảnh điêu khắc thành hàng thẳng sẽ có một chiều dài 5 km. Kiến trúc tổng quát của ngôi ngôi Đại Già lam Phật địa Borobudur có thể chia làm ba phần từ thấp lên cao, tượng trưng cho ba cảnh giới của Ta bà: các tầng thấp nhất là Dục giới, tiếp theo là Sắc giới và những tầng trên hết là Vô sắc giới.

Du khách thập phương hành hương chiêm bái ngôi Đại Già lam Phật địa Borobudur bắt đầu từ cổng phía Đông, đi theo chiều kim đồng hồ, mỗi tầng đều có bậc thang để trèo lên tầng cao hơn, hết tầng này đến tầng khác. Trên vách đá hiện ra các cảnh tượng điêu khắc của Dục giới, phô bày những cảnh tượng của thế giới tham dục (kamadhatu), gồm đủ loại chúng sinh như quỷ đói, súc sinh, loài người, các cảnh tượng tham lam, những xung năng thấp kém, tham dục và hận thù, tiếp theo là cảnh tượng của Sắc giới gồm những bậc thánh nhân, và sau hết là các thiên nhân thuộc Vô sắc giới. 

 Những tầng cao hơn hết kể lại sư tích tiền thân của đức Phật trong nhiều kiếp trước, sau đó là ngày Đản sinh ở Ca tỳ La vệ, ngày đức Phật từ bỏ cung điện đi tìm đạo, ngày đạt được Giác ngộ ở Chính giác sơn, ngày chuyển Pháp luân lần đầu ở vườn Lộc uyển…

Bên trên năm tầng hình vuông là ba tầng hình tròn với các bảo tháp đục rỗng, trong mỗi bảo tháp là một tượng Phật trong tư thế thiền định. Tầng thứ nhất có 32 bảo tháp, tầng thứ hai có 24 và tầng thứ ba có 16 bảo tháp. Trung tâm của tầng thứ ba là một bảo tháp lớn nhất với đường kính 15m, và cũng là đỉnh cao nhất của kỳ quan Borobodur. 

Bảo tháp này hoàn toàn trống không, không tượng Phật cũng không có một trang trí nào khác, sự trống không biểu trưng cho tính Không và sự Giác ngộ, vì thể phần đỉnh của công trình củng có thể xem như một sự biểu hiện của cõi Niết Bàn.

Điều đáng chú ý là trang trí của các tầng hình vuông hết sức phong phú và tinh xảo với hàng ngàn cảnh tượng tạc nổi trong đá, nhưng bỗng nhiên không còn thấy một điêu khắc nào nữa khi trèo lên các tầng hình tròn, sự đơn giản hiện ra một cách lạ lùng. Nơi đây bàng bạc sự trong sáng và tinh khiết của thể dạng “vô hình tướng”, tượng trưng cho sự tĩnh lặng của tâm thức.  

Lúc hoàn thành ngôi Đại Già lam Phật địa Borobudur có 602 pho tượng Phật, nhưng một số đã bị mất cắp, ngày nay còn 504, một số bị lấy mất phần đầu. Ngoài các tượng Phật đặt ở các góc, hầu hết các tượng Phật thuộc những tầng bên dưới được đặt trong các hóc thụt sâu trong tường, nhưng trên ba tầng cuối cùng các tượng Phật được đặt bên trong các bảo tháp đục rỗng như vừa kể trên đây. 

Vào thời kỳ xây dựng ngôi Đại Già lam Phật địa Borobudur, học phái Ngũ Phật thuộc Kim Cương thừa Tây Tạng phát triển rất mạnh mẽ, học phái này thờ Ngũ phương Phật là: Tỳ lô Giá na (Mahavairocana), A súc (Akyobhya), Bảo sinh (Ratnasambhava), A Di Đà (Amitabha), Bất không Thành tựu (Amoghasiddi). 

Theo như Mạn Đà la của Mật giáo thuộc Kim Cương thừa, đức Phật Tỳ lô Giá na, còn gọi là Đại nhật Như Lai Phật ngự ở trung tâm, bốn vị Phật còn lại ngự ở bốn góc. Tại ngôi Đại Già lam Phật địa Borobudur, người ta thấy đức Phật A Di Đà được đặt vào hướng Tây, phía Đông là Phật A súc, phía Nam là Phật Bảo sinh, phía Bắc là Phật Bất không Thành tựu. Trên tầng cao nhất của ngôi Đại Già lam Phật địa Borobudur là đức Phật Tỳ lô Giá na.

Trong thời kỳ cai trị của vương quốc Majapahit từ thế kỷ thứ 13 đến thế kỷ 15, Phật giáo và Ấn giáo cùng tồn tại một cách hòa bình với nhau. Sau khi triều đại Majapahit sụp đổ, Hồi giáo được những thương nhân từ Gujarat, Ấn Độ đưa vào Indonesia và ảnh hưởng của Phật giáo bắt đầu suy giảm mạnh kể từ đó và chỉ còn tồn tại giới hạn trong các khu vực phía đông Java và Bali. 

Đến cuối thế kỷ 16, Hồi giáo có cơ hội để thay thế vị trí của hai tôn giáo Ấn Độ giáo, và Phật giáo (tôn giáo chiếm ưu thế tại Java và Sumatra). Sau 450 năm, Phật giáo phai mờ dần theo năm tháng tại Indonessia. Nhiều địa chỉ cơ sở Tự viện Phật giáo bị lãng quên, khi những khu vực này trở thành nơi cư trú của tín đồ Hồi giáo.

Trong thời Phật giáo suy yếu tột độ, với thiểu số thực hành theo giáo lý Phật đà, hầu hết trong số họ là những người nhập cư từ Trung Quốc, định cư tại Indonesia với làn sóng di cư ồ ạt từ thế kỷ 17. Nhiều Phật giáo đồ các Tự viện Phật giáo Trung Quốc ở Indonesia đã dung hợp tam giáo đồng nguyên (Phật, Nho, Lão).

Theo điều tra nhân khẩu năm 2000, gần 90% người Hoa Indonesia là tín đồ Phật giáo hoặc Cơ Đốc giáo (Thiên Chúa giáo và Tin Lành).

Vào năm 1934, Trưởng lão Hòa thượng Narada Thera (1898-1983), vị Cao tăng nổi tiếng là một nhà truyền giáo lỗi lạc từ Sri Lanka viếng thăm Indonesia lần đầu tiên. Viếng thăm Indonesia là một phần của chuyến đi để hoằng dương giáo pháp vào các nước Đông Nam Á của Ngài. Buổi lễ trồng cây Bồ đề được tổ chức trước Borobudur vào ngày 10/03/1934 với sự chúc phúc cát tường của Trưởng lão Hòa thượng Narada Maha Thera, một số nam cư sĩ được thọ giới để trở thành tăng sĩ.

Vào khoảng năm 1955, Phật giáo bắt đầu quay trở lại Indonesia khi Hòa thượng Ashin Jinarakkhita khởi sự một chuyến đi đến nhiều nơi khác nhau trên Indonesia để hoằng dương giáo pháp. Từ đó, truyền thống Phật giáo Nguyên Thủy đã góp phần hồi sinh Phật giáo Quốc đảo Nam Dương này.

Hiện nay ngoài các tổ chức Phật giáo bản địa, còn có rất nhiều tổ chức Phật giáo các nơi trên thế giới cùng đến chia sẻ phật sự, và góp phần khôi phục Phật giáo Indonesia.